Unerwünschte Effekte wurden in klinischen Untersuchungen nur selten beobachtet, und wenn über solche Effekte berichtet wurde, war deren Häufigkeit nicht höher als in den mit Placebo behandelten Kontrollgruppen. Folglich standen die meisten der beobachteten Effekte nicht in einem Kausalzusammenhang mit Soja oder den Isoflavonen.

Typische unerwünschte Ereignisse, die in klinischen Studien berichtet wurden, waren milde Magen-Darm-Beschwerden, die normalerweise bei fortgesetzter Einnahme der Soja- oder Isoflavonzubereitung wieder verschwanden.

Schwerwiegende unerwünschte Effekte wurden bis heute nicht beobachtet - was auch hormonelle, estrogen-ähnliche Effekte einschließt (siehe dazu auch die Beiträge zur hormonellen Sicherheit).

Die Anwendungssicherheit von Soja ist sehr hoch. Bedenken hinsichtlich der Sicherheit wurden vor allem für drei Themenbereiche geäußert:

In all diesen Fällen ist auf der Basis der aktuellsten Daten Entwarnung angezeigt: Soja ist sicher in der Anwendung. Nicht nur verursacht Soja nur selten Allergien, Zubereitungen aus der Pflanze sind auch kein Risikofaktor für Brustkrebs oder die Schilddrüse. Im Gegenteil deuten die Beobachtungen hinsichtlich hormon-abhängigen Krebsformen wie Brust-, Gebärmutter- oder (bei Männern) Prostatakrebs eher auf Schutzeffekte bei den Konsumenten hin. Dieser Schutz bezieht sich nicht allein auf die erwähnten hormon-sensitiven Krebsformen, sondern auch auf Lungen- oder Dickdarmkrebs. In all diesen Fällen profitieren regelmäßige Konsumenten isoflavonhaltiger Lebensmittel mit hoher Wahrscheinlichkeit im Sinne einer verringerten Krebsinzidenz.